当遇到发票开具与合同内容不符的情况时，可以采取以下步骤进行处理：

1. 确认合同与发票的具体差异

首先，需要明确合同与发票在哪些方面存在差异。这些差异可能包括但不限于商品或服务的描述、数量、价格、税率等。了解具体差异有助于后续的处理工作。

2. 参考相关法律规定和司法解释

根据《最高人民法院关于审理买卖合同纠纷案件适用法律问题的解释》第一条，如果当事人之间没有书面合同，可以通过送货单、收货单、结算单、发票等证明买卖合同关系的存在。如果存在合同，但合同内容与发票内容不一致，需要根据合同的相对性，以合同相对人为诉讼主体，并注意不当得利等问题。

3. 与对方协商解决

在确认了差异和相关法律规定后，下一步是与对方协商解决。这可能包括重新开具发票、修改合同条款或其他双方都能接受的解决方案。在协商过程中，保持沟通的清晰和专业非常重要。

4. 法律咨询或诉讼

如果协商无法解决问题，可能需要寻求法律咨询或采取诉讼手段。在此过程中，可以参考《国家税务总局关于修订增值税专用发票使用规定的补充通知》等相关文件，以及税务机关的具体规定。

5. 注意事项

在处理此类问题时，需要注意以下几点：

及时性：发现问题后应及时处理，避免因拖延导致问题复杂化。

证据保留：保留所有相关的合同、发票、通信记录等作为证据。

专业性：由于涉及法律问题，建议咨询专业律师或会计师的意见。

综上所述，当发票开具与合同内容不符时，应通过确认差异、参考法律规定、协商解决、法律咨询或诉讼等步骤来妥善处理。在整个过程中，保持专业和及时的态度至关重要。